Il refrigerante utilizzato in una cella a combustibile con membrana a scambio protonico (PEM) svolge un ruolo fondamentale nella regolazione della temperatura della cella a combustibile e nella rimozione del calore disperso. Per garantire prestazioni ottimali, è necessario che il refrigerante abbia una costante dielettrica bassa e rimanga non conduttivo.
Nel tempo, gli ioni dei materiali utilizzati nelle piastre bipolari, nei radiatori e in tutti i componenti del circuito di raffreddamento possono migrare nel refrigerante e aumentare la conduttività elettrica. Per contrastare tale fenomeno, il refrigerante viene fatto passare su una resina a scambio ionico che cattura detti ioni, garantendo pertanto che il refrigerante rimanga elettricamente non conduttivo.
Inoltre, per evitare che particelle di grandi dimensioni ostruiscano i canali nelle piastre bipolari, nel medesimo alloggiamento viene integrato uno schermo.