L'acqua nel carburante provoca ruggine e altra corrosione chimica che possono alterare le superfici del sistema di iniezione. Nei motori common rail ad alta pressione (HPCR), anche la minima modifica di una superficie può influire sulle prestazioni a causa delle tolleranze estremamente ridotte e precise, utilizzate dal sistema per svolgere efficacemente i propri compiti.
I filtri del carburante primari, noti anche come sistemi di separazione dell'acqua con filtro del carburante, utilizzano una varietà di metodi per separare l'acqua dal carburante. L'acqua accumulata può quindi essere drenata dalla valvola di drenaggio del filtro durante gli intervalli di manutenzione consigliati. Il filtro del carburante primario offre una bassa restrizione, dal momento che è montato sul lato di aspirazione della pompa del carburante. Questo filtro protegge anche la pompa di trasferimento dalla contaminazione e dall'usura e in genere funziona insieme a un filtro del carburante secondario.