Nie wszystkim zanieczyszczeniom można zapobiegać u źródła, dlatego w linii technologicznej należy zidentyfikować krytyczne punkty kontroli — wszędzie tam, gdzie istnieje możliwość nowego zanieczyszczenia, lub tam, gdzie dostanie się zanieczyszczeń byłoby nieodwracalne. W tym miejscu należy użyć wkładów sterylnych stosowanych w punkcie poboru, zazwyczaj o wielkości 0,2 mikrona lub mniejszej. Niektóre z tych krytycznych punktów kontroli to:
Zbiorniki do mieszania i przechowywania. W takich miejscach łatwo mogą rozmnażać się niepożądane bakterie, a tlen może również powodować psucie się niektórych produktów. Dobrym buforem w zbiorniku przed dodaniem składników jest obojętny azot. Najpierw jednak należy pamiętać o przefiltrowaniu azotu, tak aby usunąć potencjalne zanieczyszczenia ze zbiorników, sprężarek i przewodów elastycznych.
Etapy i składniki pośrednie. Wszędzie tam, gdzie na linii technologicznej ma miejsce nowy etap lub wprowadzany jest nowy składnik, występują nowe możliwości zanieczyszczenia. Późniejszymi dodatkami mogą być środki aromatyzujące lub przyprawy, konserwanty bądź emulgatory. W napojach gazowanych jest to gazowy CO2. Należy rozważyć filtry dla każdego nowego składnika, a także dla każdego nowego procesu gazowego, parowego lub powietrznego.
Przetwarzanie końcowe i pakowanie. Aby usunąć wszelkie pozostałe zanieczyszczenia, należy zaplanować filtrowanie na ostatnim etapie procesu. Na przykład podczas butelkowania wody zalecany jest końcowy filtr membranowy. Ryzyko może stwarzać samo pakowanie. Folie otaczające i uszczelki mające kontakt z żywnością lub napojem powinny być przedmuchiwane parą spożywczą w celu zabicia wszelkich drobnoustrojów zebranych podczas transportu lub przechowywania.
Po określeniu prawidłowej lokalizacji dla filtrów należy rozważyć jakość urządzeń i wybór wkładów. Należy zwracać uwagę na starzejące się lub działające nieprawidłowo podzespoły, takie jak sprężarki powietrza, które są częstym źródłem wycieków oleju. Rury i obudowa mogą łuszczyć się; mogą w nich również powstawać szczeliny, które stanowią miejsca psucia się resztek.
W większości norm i wytycznych określane są systemy ze stali nierdzewnej; jeżeli jednak podzespoły nie są objęte certyfikatem 3-A, nadal mogą być źródłem ukrytego ryzyka obejmującego:
- słabe spoiny spawane z nierównymi obszarami;
- powierzchnię piaskowaną kulkami zamiast elektropolerowanej;
- złącza rurowe z kołnierzem lub z gwintem NPT zamiast połączenia sanitarnego, takiego jak zaciski sanitarne Tri-Clamp®.